De Morgenster heeft haar wortels in de internationale zendingsorganisatie Jeugd met een Opdracht (JmeO), die al vele jaren op een bijzondere wijze betrokken is bij het onderwijs.
In Amsterdam en Heerde waren van 1979 tot 1986 Internationale Christelijke Scholen gevestigd, bedoeld voor kinderen van medewerkers van Jeugd met een Opdracht.
Binnen deze scholen werd een schat aan ervaring opgedaan. Het verlangen groeide om die ervaring door te geven. In augustus 1988 werd De Morgenster opgericht.